就在联邦调查局盘问钱学森当天，加州理工学院接到美国第六军团本部的秘密信件，要求校方从此严禁钱学森从事任何与美国军事机密相关的研究工作，吊销了钱学森的安全许可证。钱学森于1942年经导师冯卡门推荐，经美国宪兵总司令部人事安全主管巴陀上校的安全审核，于该年12月1日获取安全许可证，从事美国军事机密研究长达八年之久，到了1950年钱学森从事的研究大部分和美国军事有关，没有安全许可证，意味着钱学森再也无法做他成绩斐然的工作了。
冯卡门教授在晚年所写的回忆录里专门写了一章《中国的钱学森博士》清楚说出了钱学森遭到迫害的起因：
“麦肯锡反共浪潮席卷美国，很多人不得不通过令人困窘而可恶的审查程序证明自己的清白。
有一天怀疑落在钱的身上，当局要钱学森揭发一个名叫西尼•温朋即威因鲍姆的化学家，此人因在一件共产党案件中提供伪证，当时正在受审。钱和温朋本是泛泛之交，只是替他介绍过职业，还不时去他家欣赏欣赏古典音乐。由于钱拒绝揭发自己的朋友，引起联邦调查局对他的怀疑。军事当局突然吊销了钱学森从事机密研究工作的安全执照，即安全许可证。”
关于钱学森被指美共一事，加州理工学院院长杜布里奇于1981年2月19日接受采访时，把问题说的很清楚，美国联邦调查局把一张出席社交小聚会的名单，仅仅因为其中有几个人是美共产党党员，就把那张名单当成了美共党名单，而钱曾经参加过几次，名单上有个“钱”字就被当成证据。就连加州理工学院理事会上明确表示了“确信钱学森不属于这个共产主义小组。”
作为一位正直的科学家，平白蒙冤，钱学森深感人格受到莫大侮辱，自尊心蒙受极大伤害。
山雨欲来风满楼。6月16日.威因鲍姆在家中被捕，而马林纳已于1947年远赴法国巴黎工作，联邦调查局鞭长莫及。由于威因鲍姆进入喷气推进实验室是钱学森推荐的，于是联邦调查局缠上了钱学森。
6月19日，当联邦调查局人员再度光临时，钱学森把一份事先准备好的声明交给他们。钱在声明中写到：“当年我成为一位受欢迎的客人情境已经不在了，一片怀疑的乌云扫过我的头上，因此，我所能做的事就是离开。”
钱学森告诉来人，这份声明已经同时交给加州理工学院院长林德菲以及教务长华森，这份声明也是钱学森决定辞去加州理工学院一切工作的辞呈。